Résumé : Helicobacter pylori (H. pylori) est une bactérie Gram-négative qui cause l'ulcère peptique et le cancer gastrique. En Équateur, le cancer gastrique fait partie des cinq types de cancer les plus couramment diagnostiqués et est l'une des principales causes de décès par cancer. La prévalence de l'infection à H. pylori varie entre 20 et 80 % selon les régions du monde ; cependant, seul un petit nombre d'individus développent un tableau clinique.
Les facteurs génétiques de la bactérie et de l'hôte sont déterminants dans le développement des pathologies associées à cette bactérie. H. pylori possède des facteurs de virulence (cytotoxine A, Cac A, et exotoxine vacuolante, VacA) qui facilitent la colonisation gastrique. La répartition géographique des diverses souches de H. pylori serait associée à des différences géographiques dans la répartition du cancer gastrique. En Colombie, par exemple, le taux annuel de cancer gastrique dans les Andes de Nariño est estimé à 30/100 000 alors que dans sa zone côtière il est de 6/100 000 malgré le fait que la prévalence de l'infection à H. pylori est similaire dans la Côte et dans la Sierra. Ces différences pourraient être dues au fait que les souches de la Sierra auraient un génotype différent et une origine phylogéographique européenne, tandis que les souches de la Côte auraient une origine européenne et africaine. En Équateur, peu d'études ont caractérisé les génotypes de H. pylori présents dans différentes régions géographiques, Côte, Sierra et Oriente. Par conséquent, l'objectif général de la présente enquête est de comparer les génotypes de différentes souches de H. pylori obtenues dans des échantillons de biopsie gastrique de patients symptomatiques de la paroisse de Zumbahua dans la région andine avec des échantillons de patients de Sushufindi et Lago Agrio en Amazonie. ; et aussi pour établir la culture in vitro de H. pylori dans le but de mener des études d'ascendance de la bactérie. Cette étude comporte deux phases : La phase I correspond au recrutement des patients, à l'examen endoscopique, au prélèvement et à l'étude anatomopathologique Cette phase de l'étude a déjà été réalisée. La phase II concerne le génotypage des gènes de pathogénicité dans les échantillons prélevés en phase I et l'isolement et la culture de souches de H. pylori dans de nouveaux échantillons gastriques pour l'analyse de l'ascendance. Pour le génotypage, la présence des gènes de pathogénicité cagA et vacA (s1,s2; m1,m2) sera étudiée par qPCR, tandis que l'ascendance sera déterminée par analyse "multi locus sequence typing". Sept gènes domestiques (atpA, efp, ureI, ppa, mutY, trpC et yphC) seront amplifiés à l'aide d'amorces recommandées par l'Institut Pasteur dans des cultures primaires de H. pylori. Les séquences obtenues seront analysées dans la base de données (http://pubmlst.org/helicobacter) pour déterminer les génotypes de chaque gène et les séquences types de chaque souche. Par la suite, une analyse phylogénétique sera effectuée pour déterminer les relations d'accouplement et l'ascendance à l'aide de Phyloviz. Les résultats de cette recherche contribueront à une meilleure prise en charge des patients infectés par H. pylori. De plus, des conditions seront établies pour la culture primaire de cette bactérie.
Objectifs généraux : Comparer les génotypes de différentes souches de H. pylori obtenues dans des échantillons de biopsie gastrique de patients symptomatiques de la paroisse de Zumbahua dans la région andine avec des échantillons de patients de Sushufindi et Lago Agrio en Amazonie équatorienne ; et d'établir la culture in vitro de H. pylori dans le but de réaliser des études d'ascendance de cette bactérie.
Objectifs spécifiques:
- Établir les caractéristiques sociodémographiques et cliniques des patients participant à l'étude, de la Sierra équatorienne (Zumbahua) et de l'Amazonie (Shushufindi et Lago Agrio).
- Comparer la prévalence et les caractéristiques macroscopiques et microscopiques des lésions gastriques à partir de biopsies de patients volontaires de la Sierra équatorienne (Zumbahua) et de l'Amazonie (Shushufindi et Lago Agrio).
- Déterminer la présence de gènes de pathogénicité cagA, vacA (s1, m1, s2, m2) de H. pylori dans des échantillons gastriques de patients de la paroisse de Zumbahua dans la région andine avec des échantillons de patients de Sushufindi et Lago Agrio en Amazonie équatorienne.
- Déterminer l'ascendance des cultures de H. pylori à partir d'échantillons gastriques isolés de patients infectés en utilisant des techniques de génotypage basées sur le "Multilocus Sequence Typing" (MLST).
Établissements participants :
UTE, USFQ, ESPOL.
Intervenants :
Directeur du projet Manuel E. Baldeón.
- Manuel E. Baldeon
- Paul Cardenas
- Patricia Manzano
Budget alloué : $50000
Statut du projet : En cours.
