Résumé exécutif : En Équateur, en raison à la fois de sa mégadiversité et de l'augmentation et de la modernisation récentes de la recherche scientifique, ainsi que des techniques de traitement de l'information, ces dernières années, des données biologiques de divers types (biomédicales, biotechnologiques, écologiques, agronomiques, etc.). Cette grande quantité, hétérogénéité et fragmentation des données produites au niveau national rend difficile leur traitement pour produire des informations et des connaissances pertinentes et non redondantes et générer des solutions aux problèmes biologiques présents dans le pays.
Ainsi, il est possible de mieux comprendre les systèmes biologiques au niveau de la génomique structurale et fonctionnelle, de trouver des patrons, de générer des modèles (épidémiologiques, de redistribution des populations dus au changement climatique, métabolomique), de planifier la gestion des espèces invasives, ou des espaces ou réserves naturelles, générer des données fondamentales pour la mise en œuvre de zones à usages différents, etc.
Par conséquent, le développement efficace d'une infrastructure bioinformatique est particulièrement pertinent pour l'Équateur en raison de sa grande richesse biologique. La proposition que nous présentons vise à optimiser à l'avenir l'état actuel de la production, du traitement et de l'organisation des données biologiques à l'échelle nationale, avec les finalités pratiques décrites. Il a été pensé à intégrer les infrastructures techniques et scientifiques dont le pays commence déjà à se doter, principalement :
- Infrastructure informatique et de communication du Réseau CEDIA .
- Les Réseaux récemment créés :
- REDU REBIN, un réseau national de Bioinformatique auquel participent, entre autres, les institutions rattachées à la proposition que nous présentons, et composé de chercheurs spécialistes ou intéressés par la Bioinformatique résidant dans le pays. Site en construction.
- BIOALI CYTED (www.bioali.es), un réseau international pour la mise en œuvre d'études «omiques» (ensembles de données de tous les différents systèmes biologiques) dans les programmes d'amélioration des plantes.
- Les deux clusters informatiques dont disposent les universités ESPE et ESPOL, chacun avec ses spécificités et ses capacités.
- La plateforme de séquençage de nouvelle génération dont dispose ESPOL, la seule publique du pays, à partir de laquelle vous avez également accès à des bases de données et à des outils bioinformatiques modernes.
Sur la base de ces capacités locales, cette proposition vise à donner une première impulsion à de futurs réseaux intégrant et optimisant les moyens techniques et humains en bioinformatique et biostatistique (outils transversaux des sciences biologiques), étendant la collaboration à l'ensemble du niveau national et, au niveau régional futur, générant des espaces de rencontre qui permettent également l'enseignement et la formation.
Pour cela, nous avons construit une proposition pilote, basée sur deux sous-projets autour d'un thème spécifique : l'analyse des données omiques de l'interaction pathogène-hôte dans certains des systèmes de production les plus importants en Équateur. Les résultats du projet contribueront à l'élaboration de stratégies et de plans de prévention, de confinement, de traitement et d'atténuation, y compris l'amélioration génétique et la santé agricole et animale globale, contribuant à l'économie, à la conservation et à la création d'emplois.
Objectifs généraux : Promouvoir en Équateur la capacité de recherche et de mise en réseau dans le domaine de la bioinformatique, appliquée à des études omiques spécifiques : génomique et transcriptomique des interactions parasite-hôte eucaryote dans deux études pilotes.
Objectifs spécifiques:
- Caractériser les organismes pathogènes à l'aide de données omiques et les relier à la virulence.
- Établir l'interaction pathogène-hôte grâce à l'interprétation des données génomiques et transcriptomiques.
- Établir la structure capside des virus de plantes à ARN à partir de données transcriptomiques.
- Établir les changements métabolomiques possibles à partir des changements dans le transcriptome de l'hôte babaco.
- Analyser les aspects de l'évolution moléculaire.
- Développer dans le pays un prototype de système public d'analyse de séquences polymériques à l'aide d'outils logiciels libres déjà disponibles qui soutiendront la recherche ; Le modèle comprend le matériel et l'infrastructure de connectivité existants dans CEDIA , ESPE et ESPOL, qui peuvent évoluer et s'adapter aux besoins qui se présentent.
- Étendre, à l'avenir, l'échange de ressources bioinformatiques au niveau national et supranational.
Établissements participants :
ESPE, ESPOL, USFQ, UNEMI.
Intervenants :
Chef de projet Carlos Noceda Alonso.
- Carlos Noceda Alonso
- Francisco Javier Flores Fleur
- Christian Péna
- Luis Enrique Trujillo Tolède
- Monica Jadan Guerrero
- Karina Proaño Tuma
- Enrique Pelaez Jarrin
- Bonny Bayot
- Washington B. Cardenas
- Sixto García
- Daynet Sosa del Castillo
- Léda Restrepo Cardona
- Gabriela Mariduena
- Ismaël Valderrama Saltos
- Nardy Diez García
- Miguel Angel Méndez
- Jessenia del Pilar Cardenas Cobo
- Simon Pérez Martinez
- Mirella Correa Peralta
- Rafael Seleyman Lazo Sulca
- Oscar Dario León Hail
Budget alloué : $53159
Statut du projet : En cours.
