Objectif général : Générer un référentiel d'observations standardisées de diverses variables biologiques pertinentes pour la modélisation des réseaux d'interaction biotique dans les écosystèmes prioritaires en Équateur.
Objectifs spécifiques:
- Concevoir et mettre en œuvre une structure de base de données pour le stockage et la gestion de grands volumes de données standardisées sur les interactions biotiques. Pour l'exécution de cet objectif, nous avons l'expérience du Dr Aminael Sánchez Rodríguez, membre de l'équipe de recherche UTPL, qui a déjà participé à la conception et à la mise en œuvre de bases de données pour les référentiels de données d'interaction moléculaire, tels que COLOMBOS (Engelen, Fu et al . 2011) et MAGIC (Fu, Fierro et al. 2014). Toutes ces connaissances antérieures seront transférées au présent projet. Par ailleurs, et conjointement avec l'ensemble des membres des équipes de recherche UTPL, PUCE-SI et ESPOCH, un format standardisé sera conçu permettant l'incorporation de (méta)données associées à chacune des observations d'interactions biotiques. Comme mentionné par Jordano, VáZQUEZ et al. (2009), de nombreuses études faisant référence à l'échantillonnage des interactions biotiques sont incomplètes car elles ne fournissent pas de données supplémentaires (que nous appellerons métadonnées) au-delà des observations obtenues permettant de juger de la robustesse de l'échantillonnage. C'est pourquoi la norme que nous développerons dans ce projet définira : les informations minimales nécessaires pour estimer si l'effort d'échantillonnage qui a permis la collecte de données est suffisamment robuste (par exemple, les données ne seraient pas significativement modifiées si l'effort d'échantillonnage était augmenté).
- Développer une application web qui permettra la saisie standardisée des données d'interactions biologiques ainsi que leur visualisation. Quant à l'exécution de l'objectif 1, nous nous baserons sur les expériences précédentes (COLOMBOS et MAGIC) pour la conception d'une application Web qui permet la communication entre les utilisateurs finaux et la structure de la base de données. Celui-ci sera programmé en JavaScript et utilisera les extensions Cytoscape pour la visualisation des données.
Établissements participants :
UTPL. ESPOCH, PUCE-SI
Intervenants:
- Doctorat. Aminaël Sanchez.
- MSc. Carlos Carpio.
- MSc. José Andrade.
Budget alloué : $25000
État du projet : Processus – Signature de l'entente.
