Resumo executivo: No Equador, tanto por sua megadiversidade como pelo recente aumento e modernização da pesquisa científica, bem como das técnicas de processamento da informação, nos últimos anos dados biológicos de vários tipos (biomédicos, biotecnológicos, ecológicos, agronômicos, etc.). Essa grande quantidade, heterogeneidade e fragmentação dos dados produzidos em nível nacional dificulta o seu processamento para produzir informações e conhecimentos relevantes e não redundantes e gerar soluções para os problemas biológicos presentes no país.
Assim, é possível compreender melhor os sistemas biológicos ao nível da genómica estrutural e funcional, encontrar padrões, gerar modelos (epidemiológicos, redistribuição populacional devido às alterações climáticas, metabolómicos), planear a gestão de espécies invasoras, ou áreas ou reservas naturais, gerar dados fundamentais para implantação de áreas com diferentes usos, etc.
Portanto, o desenvolvimento eficiente de uma infraestrutura de bioinformática é especialmente relevante para o Equador devido à sua alta riqueza biológica. A proposta que apresentamos pretende otimizar no futuro o estado atual da produção, tratamento e organização de dados biológicos à escala nacional, com as finalidades práticas descritas. Foi pensado em integrar a infraestrutura técnico-científica que o país já começa a ter, principalmente:
- Infra-estrutura de informática e comunicação da Rede CEDIA .
- As Redes recém-criadas:
- REDU REBIN, rede nacional de Bioinformática da qual participam as instituições adjuntas à proposta que apresentamos, entre outras, e constituída por pesquisadores especialistas ou interessados em Bioinformática residentes no país. Site em construção.
- BIOALI CYTED (www.bioali.es), uma rede internacional para a implementação de estudos 'omics' (conjuntos de dados de todos os diferentes sistemas biológicos) em programas de melhoramento vegetal.
- Ambos clusters de computadores que as universidades ESPE e ESPOL possuem, cada um com suas especificidades e capacidades.
- A plataforma de sequenciamento de última geração que a ESPOL possui, a única pública do país, a partir da qual você também tem acesso a bancos de dados e modernas ferramentas de bioinformática.
Com base nestas capacidades locais, esta proposta pretende dar o impulso inicial a futuras redes que integrem e otimizem recursos técnicos e humanos em bioinformática e bioestatística (ferramentas transversais nas ciências biológicas), alargando a colaboração a todo o nível nacional e, a nível regional futuro, gerando espaços de encontro que permitem também o ensino e a formação.
Para isso, construímos uma proposta piloto, com base em dois subprojetos em torno de um tema específico: análise de dados ômicos de interação patógeno-hospedeiro em alguns dos sistemas de produção mais importantes do Equador. Os resultados do projeto contribuirão para o desenvolvimento de estratégias e planos de prevenção, contenção, tratamento e mitigação, incluindo melhoramento genético e sanidade agropecuária integral, contribuindo para a economia, conservação e geração de empregos.
Objetivos Gerais: Promover no Equador a capacidade de pesquisa e networking no campo da Bioinformática, aplicada a estudos ômicos específicos: genômica e transcriptômica das interações parasita-hospedeiro eucariótico em dois estudos piloto.
Objetivos específicos:
- Caracterizar organismos patogênicos usando dados ômicos e relacioná-los à virulência.
- Estabelecer a interação patógeno-hospedeiro através da interpretação de dados genômicos e transcriptômicos.
- Estabelecer a estrutura do capsídeo de vírus de plantas de RNA a partir de dados transcriptômicos.
- Estabelecer possíveis alterações metabolômicas a partir das alterações no transcriptoma do hospedeiro babaco.
- Analisar aspectos da evolução molecular.
- Desenvolver no país um protótipo de sistema público de análise de sequências poliméricas utilizando ferramentas de software livre já disponíveis que darão suporte à pesquisa; O modelo inclui o hardware de conectividade e infraestrutura existente em CEDIA , ESPE e ESPOL, que podem evoluir e se adaptar às necessidades que surgirem.
- Alargar, no futuro, o intercâmbio de recursos bioinformáticos a nível nacional e supranacional.
Instituições participantes:
ESPE, ESPOL, USFQ, UNEMI.
Participantes:
Gerente de projetos Carlos Noceda Alonso.
- Carlos Noceda Alonso
- Francisco Javier Flores Flor See More
- Cristiano Pena
- Luis Enrique Trujillo Toledo
- Mônica Jadan Guerrero
- Karina Proano Tuma
- Enrique Pelaez Jarrin
- Bonny Bayot
- Washington B. Cárdenas
- Sixto Garcia
- Daynet Sosa del Castillo
- Leda Restrepo Cardona
- Gabriela Mariduena
- Ismael Valderrama Saltos
- Nardy Diez Garcia
- Miguel Ángel Mendez
- Jessenia del Pilar Cárdenas Cobo
- Simão Pérez Martinez
- Mirella Correa Peralta
- Rafael Seleyman Lazo Sulca
- Oscar Dario León Salve
Orçamento premiado: $53159
Situação do projeto: Em andamento.
