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Análisis Molecular

Resumen Ejecutivo: Helicobacter pylori (H. pylori) es una bacteria Gram-negativa causante de úlcera péptica y cáncer gástrico. En Ecuador el cáncer gástrico está dentro de los cinco tipos de cáncer más comúnmente diagnosticados y es una de las primeras causas de muerte por cáncer. La prevalencia de infección por H. pylori varía entre el 20 y 80% en diferentes regiones del mundo; sin embargo, solamente un pequeño número de individuos desarrolla algún cuadro clínico.

Factores genéticos bacterianos y del hospedador son determinantes en el desarrollo de patologías asociadas con esta bacteria. H. pylori posee factores de virulencia (citotóxina A, Cac A y exotoxina vacuolizante, VacA) que facilitan la colonización gástrica. La distribución geográfica de diversas cepas de H. pylori estarían asociadas con las diferencias geográficas en la distribución de cáncer gástrico. En Colombia por ejemplo, la tasa anual de cáncer gástrico en los Andes de Nariño se estima que está en 30/100.000 mientras que en su zona costera es de 6/100.000 a pesar de que la prevalencia de infección por H. pylori es similar en la Costa y en la Sierra. Estas diferencias podrían deberse a que las cepas de la Sierra tendrían un genotipo diferente y un origen filogeográfico Europeo mientras que las cepas provenientes de la Costa tendrían un origen Europeo y Africano. En el Ecuador existen pocos estudios que hayan caracterizado los genotipos de H. pylori presentes en diferentes regiones geográficas, Costa, Sierra y Oriente. Consecuentemente, el objetivo general de la presente investigación es comparar los genotipos de diferentes cepas de H. pylori obtenidas en muestras de biopsias gástricas de pacientes sintomáticos de la Parroquia de Zumbahua en la región Andina con muestras de pacientes de Sushufindi y Lago Agrio en la Amazonía Ecuatorianos; y también establecer el cultivo in vitro de H. pylori con el propósito de realizar estudios de ancestría de la bacteria. Este estudio tiene dos fases: la Fase I corresponde al reclutamiento de pacientes, examen endoscópico, toma de muestras, y estudio patológico, esta fase del estudio ha sido ya realizada. La Fase II concierne la genotificación de los genes de patogenicidad en las muestras tomadas en la fase I y el aislamiento y cultivo de cepas de H. pylori en unas nuevas muestras gástricas para el análisis de ancestría. Para la genotipificación se estudiará la presencia de los genes de patogenicidad cagA y vacA (s1,s2; m1,m2) por qPCR mientras que la ancestría se determinará por análisis de tipificación “multi locus sequence typing”. Se amplificaran 7 genes housekeeping (atpA, efp, ureI, ppa, mutY, trpC y yphC) utilizando primers recomendados por el Instituto Pasteur en cultivos primarios de H. pylori. Las secuencias obtenidas serán analizadas en la base de datos (http://pubmlst.org/helicobacter) para determinar genotipos de cada gen y de secuencias tipo de cada cepa. Posteriormente se hará un análisis filogenético para determinar relaciones de emparejamiento y ancestría usando Phyloviz. Los resultados de esta investigación contribuirán al mejor manejo de pacientes infectados con H. pylori. Además, se establecerá condiciones para el cultivo primario de esta bacteria.

Objetivos General: Comparar los genotipos de diferentes cepas de H. pylori obtenidas en muestras de biopsias gástricas de pacientes sintomáticos provenientes de la Parroquia de Zumbahua en la región Andina con muestras de pacientes de Sushufindi y Lago Agrio en la Amazonía Ecuatorianos; y establecer el cultivo in vitro de H. pylori con el propósito de realizar estudios de ancestría de esta bacteria.

Objetivos Específicos:

  • Establecer las características sociodemográficas y clínicas de los pacientes participantes del estudio, provenientes de la Sierra (Zumbahua) y Amazonía (Shushufindi y Lago Agrio) ecuatorianos.
  • Comparar le prevalencia y características macroscópicas y microscópicas de lesiones gástricas de biopsias de pacientes voluntarios provenientes de la Sierra (Zumbahua) y Amazonía (Shushufindi y Lago Agrio) Ecuatorianos.
  • Determinar la presencia de los genes de patogenicidad cagA, vacA (s1, m1, s2, m2) de H. pylori en muestras gástricas de pacientes provenientes de la Parroquia de Zumbahua en la región Andina con muestras de pacientes de Sushufindi y Lago Agrio en La Amazonía Ecuatorianos.
  • Determinar la ancestría de cultivos de H. pylori a partir de muestras gástricas aisladas de pacientes infectados usando técnicas de genotipificación basados en “Multilocus Sequence Typing” (MLST).

Instituciones Participantes:

UTE, USFQ, ESPOL.

Participantes:

Director del proyecto Manuel E. Baldeón.

  • Manuel E. Baldeón
  • Paúl Cárdenas
  • Patricia Manzano

Presupuesto adjudicado: $50000

Estado del proyecto: En ejecución.