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Generación de un Repositorio para el Almacenamiento y Modelización Masiva de Redes de Interacciones Bióticas con Fines de Conservación en Ecosistemas de Ecuador

Objetivo General: Generar un repositorio de observaciones estandarizadas de diversas variables biológicas con relevancia para la modelización de redes de interacciones bióticas en ecosistemas prioritarios de Ecuador.

Objetivos Específicos:

  • Diseñar e implementar una estructura de base de datos para el almacenamiento y manejo de grandes volúmenes de datos estandarizados de interacciones bióticas. Para la ejecución de este objetivo contamos con la experiencia del Dr. Aminael Sánchez Rodríguez, miembro del equipo de investigación de la UTPL, quien ha participado anteriormente en el diseño e implementación de bases de datos para repositorios de datos de interacciones moleculares, tales como COLOMBOS (Engelen, Fu et al. 2011) y MAGIC (Fu,Fierro et al. 2014). Todo ese conocimiento anterior será transferido al presenteproyecto. Adicionalmente, y de manera colegiada con todos los integrantes de los equipos de investigación la UTPL, la PUCE-SI y la ESPOCH se diseñará un formatoestandarizado que permita la incorporación de (meta) datos asociados a cada unade las observaciones de interacciones bióticas. Tal y como menciona Jordano,VáZQUEZ et al. (2009), muchos de los estudios que hacen referencia al muestreo de interacciones bióticas son incompletos por cuanto no aportan datos adicionales (a los que llamaremos metadatos) más allá de las observaciones obtenidas que permitan juzgar la robustez del muestreo. Es por ello que el estándar que desarrollaremos en el presente proyecto definirá: el mínimo de información necesaria para estimar si el esfuerzo de muestreo que permitió la recopilación de los datos es lo suficientemente robusto (e.g. los datos no se alterarían significativamente si el esfuerzo de muestreo se incrementa).
  • Desarrollar una aplicación web que permitirá el ingreso estandarizado de datos de interacciones biológicas así como su visualización. Al igual que para la ejecución del objetivo 1, nos basaremos en experiencias anteriores (COLOMBOS y MAGIC) para el diseño de una aplicación web que permita la comunicación entre usuarios finales y la estructura de base de datos. Esta será programada en JavaScript y empleará extensiones de Cytoscape para la visualización de los datos.

Instituciones Participantes:

UTPL. ESPOCH, PUCE-SI

Participantes:

  • PhD. Aminael Sánchez.
  • MSc. Carlos Carpio.
  • MSc. José Andrade.

Presupuesto adjudicado: $25000

Estado del proyecto:Proceso – Firma de Convenio.